Les travaux scientifiques de la ZAM sont structurés autour de trois axes territoriaux, suivant un gradient croissant d’anthropisation allant des territoires forestiers aux territoires ruraux puis aux territoires urbains et industriels en mutation. Le quatrième axe est transversal et concerne l’efficacité des dispositifs de traitement.
Cette organisation en axes permet de densifier les relations entre équipes pluridisciplinaires impliquées dans une même thématique et permet de gérer au mieux les relations partenariales de la ZAM.
